دوبار از had قبل از فعل استفاده شده در این دو جمله، علتش چیه و چ تاثیری در معنی داره
Finally Soichiro’s factory that he (had) worked so hard to build was destroyed by an earthquake.
By the time the war( had) ended, Japan was in a hard situation
این تاپیک مربوط به درس« داستان انگلیسی موفقیت یعنی ۹۹ درصد شکست » در نرم‌افزار «زبانشناس» است. دوره: « داستان های واقعی » فصل: « موفقیت یعنی 99 درصد شکست »
سلام دوست عزیز این جملات گذشته بعید هستند و ساختار جمله had+p.p هستش ، افعال بعد از had هم قسمت سوم هستند .
یه قانون گرامره، گذشته بعید رو با had نشون میدن
سلام دوست عزیز . قانون گذشته استمراری به این صورت است 
فاعل+was/were+فعل (ing)
و علاوه بر نکته بالا, این توضیح رو هم ببینید @emad24
همون جمله بالا معنیش چی میشه به فارسی
معنی جمله اش میشه :
عاقبت ، کارخانه سویچیرو که او خیلی برای ساختن (کارخانه) که در زلزله نابود شده بود، سخت کار کرده بود .
در این هنگام جنگ تمام شده بود ، ژاپن در وضعیت سختی بود .